又半个月后，经过精心的安排，火箭队首次公开进攻各大城镇。由此，神奇宝贝世界历史上最黑暗动乱的时代拉开了帷幕。
以胡飞掌控火箭队为原点，时间向后推移计算。
1个月后，火箭队四干部之一，忍者阿桔带领百余火箭队精英，悍然突袭尼比市。不仅踏平尼比市的道馆，而且劫掠了着名的尼比博物馆。
尼比博物馆是尼比市最主要的建筑之一，儿童票要50元。在一楼有化石翼龙和镰刀盔的化石，进行的神奇宝贝化石展览。二楼有一块空地放着巨大的哥伦比亚航天飞机的模型。平常游客还可以见到来自于月亮的月之石的传闻。
这些最珍贵的化石被阿桔夺走。胡飞将其全部调拨给新建立的火箭队0号科研所。说科研所其实名不副实，因为全科研所的科学家只有超梦一员。
胡飞将得自正辉的神奇宝贝心情资料、夏伯的化石还原技术统统交给超梦。超梦原本的智力便和人类相当，又因为是超能系神奇宝贝，脑域发达，善于计算推导。
这些化石都经过超梦的还原，化成活生生的古代神奇宝贝：化石翼龙、菊石兽、化石盔。
愤怒之湖的变异神奇宝贝计划，也因为正辉的资料，顺利完成。第一个改造变异成功的案例，便是胡飞手中的那只暴鲤龙。由于多次战斗败北，自尊心受到刺激，主动沟通胡飞要求自我变异。变异成功之后，获得新生的暴鲤龙，全身通红亮丽如火，身形暴涨一倍，属性亦多有拔升。
1个半月后，火箭队四大干部之一的电系达人马志士，随后出动。攻占彩虹市，将关东地区最大的神奇宝贝用品市场——彩虹百货大楼劫掠一空。大量的精灵球、消耗型进化石、神奇宝贝道具、各类秘籍学习机充实到火箭队军备库中。
同时，在紫苑镇，着名的神奇宝贝墓地陵园——神奇宝贝塔，被娜姿带领数十名火箭队精英战斗人员顺利清理。不仅将这里的幽灵系神奇宝贝一网打尽，更暗中将此塔改造成了电台。从此火箭队的通讯完全覆盖整个关东、成都地区，无有漏网之遗。
三个月后，一直将全部资金调配给超梦使用，进行的复制神奇宝贝计划也获得了成果。
复制的主要小精灵有：电系顽皮弹，毒系双弹瓦斯，超能系椰树蛋，冰系铁甲贝。这项复制实验的成功，让胡飞埋藏在心底的神奇宝贝训练师军团规模化的想法，得以成功实现。
为什么在神奇宝贝世界中，长久以来都是训练师之间的单打独斗，即使是多人战斗，也不过是双人战？这是因为神奇宝贝的培养、配招，训练师的想法，都有着很大的差异，具有特别各异性。
一个训练家的培养，是从10岁开始，进行个人修行旅程。这种过程，无形中养成了训练家单打独斗的习惯。同时宠物小精灵之间的个体差异，导致配招不一，战斗的习惯也不一样。
但是这些问题，在复制神奇宝贝身上，全然没有。一个个的复制体，属性一致，绝招一致，甚至战斗习惯都完全相同。
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