光煦二年，正月初三日寅卯时分，三郡官兵从四面八方向四脚牛发起进攻。经过三天激战，苗侗军民抵挡不住，打了败仗，自行散去了。“安黎王”姚文彬率部退入粤西郡怀远县（今三江县）境，终因寡不敌众，兵败被俘。
龚继昌进驻各个村寨，逐户逐人登记造册，要保甲长检举参加造反人员。保长怕掉脑袋，很快就供出了造反人员名单，官府就在参与起事认的名字下面划一条红杠。
侗民作乱的材料都收到了，龚继昌召开了民众大会，逐户逐人点名，让划红杠的人站在一起，没有红杠的人站在一边。点名完了，官兵就把有红杠的人包围捆绑扣留。
“龚军门，这些人怎么处置啊？”苏元春问道。
“元春老弟，我们是过来帮助平叛的，这个烫手山芋不管了吧，让巡抚大人与赵提督他们自己去处置好了。”龚继昌应道。
苏元春很是认同龚继昌的做法：“我们两个在贵茅郡杀的人可不少了，再参与这次屠杀，我们会折寿的。”
“不过还是得提醒贵茅郡巡抚，不得滥杀无辜。”龚继昌说。
“这四脚牛的反贼已经在贵茅郡反对朝廷二十余年了，不杀也不行啊。”苏元春说道，“放了他们，还会继续造反的。”
“反正是不想再杀人了……”龚继昌说完，带着部下回到了镇远府。
二月七日，六甲、六约、龙额、地坪、滚董的起事者被押送到高岩打铁坳，首先被斩首的是“安黎王”姚文彬，所有的人都被处斩。
南江、水口两脚的人押送到古邦五里外的关公庙宇内，暗中在庙内的四角按放四大桶**，深夜子时点火，炸死了一千多名参与起事的苗侗民。
贵茅郡境内的团练武装在镇压“四脚牛”侗族义军后，在四脚牛一带村寨大肆洗劫，耕牛、什物一掳尽空，许多侗寨被付诸一炬。
龚继昌一部没有参与此次打劫，对此行为深恶痛绝，在与云贵总督岑毓英谈论治理苗疆策略之时，提到了四脚牛惨案一事，岑毓英听闻之后，甚为震惊立马上书小皇帝光煦帝，弹劾贵茅郡巡扶与提督，强烈请求严惩二人。
岑毓英，清和国晚大臣，粤西郡西林(今广西西北部与云贵边界)人。字颜卿，号匡国，秀才出身，有武艺。岑毓英异母弟岑毓宝曾代理云贵总督，其子岑春煊担任过两广总督，那劳岑氏“一门三总督”，是近代中国最显赫的家庭之一。
同庆皇帝接到奏折后，甚觉事态严重，令洋务大臣李章桐火速进京，因为贵茅郡的巡抚与提督都是李章桐一手推介的。
李章桐是淮军首领，此人奸诈多端，对内主张血腥镇压，对外却妥协退让，与荆南军关系甚为紧张。他得知云贵总督弹劾自己的手下，是因龚继昌“多管闲事”而起，遂向拉拉氏皇太后建议，以大赏平定苗疆有功之臣为名，让龚继昌与苏元春二人进京面圣，实则是要当面对质。
远在辰州驻防的龚继昌不知道这是李章桐设下的一个圈套，接到圣旨之后，欣喜若狂，他带着随从十余人，一路北上，到了京都。
一到皇宫，太后拉拉氏一小皇帝的名义在朝堂廷上大宴群臣。文臣武将的桌子上都摆满了佳肴美酒，可龚继昌与苏元春的桌上只有酒，没有菜。大家都在兴高采烈地喝酒吃肉、说说笑笑的。
龚继昌很是纳闷，正想发作，内务太监击掌三下，两个御膳房的伙计端着菜上来了，托盘上是有三个特色菜：牛瘪、竹笋、蕨菜。
“龚军门、苏军门，这是太后娘娘赏赐给你们二位的，请你们慢慢享用。”御膳房的伙计笑眯眯地说，将菜放在了龚继昌与苏元春的桌上。
龚继昌一看这几道菜就想作呕，尤其是那牛瘪，从牛肚子里面挤出来的草料，根本就没法吃的，遂问：“还有别的膳食没有？”
“龚军门，这是老佛爷恩典给您的。”那伙计说完，就退了下去。
“继昌兄，开吃吧，玉兰片、龙爪，上好的御菜。”苏元春拿起筷子就吃将起来，还吃得津津有味的。
龚继昌一看别人的桌上都是燕窝、鱼翅、鹿肉、鲍鱼等名贵菜肴，而自己和苏元春的只有三道民间家常菜，心里很是不满，拿着筷子吃了一口干竹笋，自觉难以下咽，噗地一下吐了出来，不由大怒，猛地一拍桌子，大骂：“娘的，我龚某为国出生入死，流血掉肉的，却给我等吃这样的菜，这不是有意羞辱我等吗！？”
随即，龚继昌将桌子掀翻在地，内盘散落一地，站了起来，往殿上走去，欲和拉拉氏太后说理。苏元春想拦住他，都来不及了。
